1. 確認不合格商品

在保存之前，首先需要確認哪些是不合格商品。對于已經明確不合格的商品，需要立即清空并封存，以免誤用。同時，對于存在爭議的商品，可以進行再次檢測或咨詢相關部門，確認是否需要保存。

2. 避免混淆

為確保不合格商品不會被誤用或混淆，需要在商品與其他存儲區域之間進行區分。可以使用單獨的貨架、劃定區域等方式，將不合格商品隔離開來，并標記清晰明確，防止被誤用。

3. 定時清理

為防止不合格商品的質量進一步惡化，需要定時清理保存區域。檢查不合格商品的保存狀態，及時處理已經失效的不合格商品。定期清理還能夠及時發現、處理因存儲不當導致的不合格商品。

4. 做好記錄

保存不合格商品也需要做好記錄，包括商品的名稱、數量、保存日期、保存期限等信息。記錄的目的在于可追溯，便于未來查詢和處理相關問題。

5. 征得相關部門同意

在保存不合格商品之前，需要征得相關部門的同意，并按照相關規定進行處理。例如，需要對不合格商品進行退回、銷毀等處理，需要獲得有關部門的批準方可進行。在保存的過程中，也需要不斷地向相關部門匯報、反饋情況。

中層貨架上保存不合格商品需要注意多方面的問題，遵守相關規定是基礎。同時，在實際操作中，需要注意及時、科學、安全的管理方式，避免不合格商品的進一步損失。